根據第二階段職能重組工作安排及亞太區打擊清洗黑錢組織（Asia/Pacific Group on Money Laundering, APG）於2017年“澳門特別行政區相互評估報告”中的建議，特區政府在考慮持續強化金融情報辦公室的職能及整體打擊清洗黑錢和恐怖活動融資的政策及效益下，決定由保安司司長指導金融情報辦公室的未來運作，以進一步推進澳門特別行政區對打擊清洗黑錢和恐怖活動融資的承諾和努力。金融情報辦公室之職權及架構現維持不變，有關決定自2018年10月16日起生效。

為回應國際社會的要求，及按照新的打擊清洗黑錢犯罪及資助恐怖主義活動法律規定，有需要設立一個特別部門，負責收集、分析及向執法機關提供懷疑與清洗黑錢犯罪和資助恐怖主義犯罪的交易報告資料。因此，在2006年8月8日根據第227/2006號行政長官批示，設立金融情報辦公室，為直接受經濟財政司管轄的獨立部門，辦公室主任由澳門行政長官委任。

於2006年，澳門政府打擊清洗黑錢犯罪及恐怖主義犯罪融資跨進了一大步，當年4月份，先後通過第2/2006號及第3/2006號法律，分別為預防及遏止清洗黑錢犯罪及預防及遏止恐怖主義犯罪法律，並于5月公佈第7/2006號行政法規，對清洗黑錢及資助恐怖主義犯罪的預防措施作出規定，範疇涵蓋金融機構、非金融體系商業活動及專業人士，執行客戶盡職審查措施並對懷疑涉及清洗黑錢或資助恐怖主義活動的交易作出報告。

1995年頒佈的澳門刑法典，對犯罪活動所產生的資產，作出扣押的規定。1997年生效的有組織犯罪法進一步打擊處理不法資產或物品的轉換、轉移或掩飾的犯罪行為。1998年頒佈的第24/98/M號法令強制規定當發現可疑交易時作出舉報，奠定金融機構及其他商業活動舉報可疑交易的基礎，引入防範性措施，規定金融機構及其他經濟活動行業，對可疑交易作出報告。

澳門特別行政區打擊清洗黑錢犯罪及恐怖融資活動是可以追溯至20世紀九十年代。在1991年生效的關於販賣及使用麻醉藥品及精神病藥品視為刑事行為以及提倡反吸毒措施事宜的法令，賦予執法部門扣押來自販賣毒品所得資產的權力。